1958年，中国和苏联就建立长波电台和“共同舰队”问题闹出风波，甚至有学者认为这是中苏关系走向破裂的导火索。然而，事情并非如此简单，也并非完全如此。
苏联提议中苏建立长波电台
苏联第一艘核动力潜艇于1958年1月试航成功，并实现了远洋航行。然而，潜艇离开母港后通信和联络成了问题。此前，苏联海军曾建议在苏联本土建立长波发射电台，最终因耗资巨大和通讯质量没有保证而放弃。后来苏联海军建议在中国的海南岛建立长波发射台，赫鲁晓夫认为这个方案可行。事有凑巧，当时中方也向苏联提出了同样要求。根据我国海军领导人肖劲光回忆录记载，1957年中国从苏联进口的3套“突浪型”小功率长波电台安装完毕，部队也需要建立大功率的长波发射电台，只因当时中国国防工业落后，没有能力完成建立长波电台的任务，不得不请求苏联予以帮助。
1958年4月18日，苏联国防部长马利诺夫斯基致函中国国防部长彭德怀，建议在中国华南地区选址，两国共同建设1000千瓦大功率长波发射电台和远程接收中心各一座，1.1亿卢布的投资苏联负担7000万，中国负担4000万，并说发射电台和远程接收中心建成后两国共同使用。
对此，毛泽东有更深入考虑。4月24日，他指示我国有关部门回复苏联：同意在中国建设该项设施，但费用全部由中国负担，所有权是中国的。
为了贯彻落实毛泽东的指示精神，6月4日，彭德怀向苏联在华军事总顾问杜鲁方诺夫陈述了中方的意见，但苏方仍坚持原先的立场。见中方不松口，后来苏联又提出，费用可以由双方各承担一半。为此，双方进行了多次协商，最终也未能就协议达成一致意见。
建立“共同舰队”之来由
一波未平，一波又起。中苏就共同建立长波电台的问题没有谈妥，接着又出现了“共同舰队”问题。
据史料记载，1958年6月28日，周恩来总理根据中苏《国防新技术协定》精神，致信赫鲁晓夫，希望苏联政府对中国海军给予新技术援助，如有可能，希望提供建造新型战斗舰艇的设计图纸和资料。
7月15日，赫鲁晓夫主持召开苏共中央主席团会议，就周恩来提出的援助问题进行讨论。7月21日，苏联驻华大使尤金要求紧急会见毛泽东主席。在外交部的安排下，当晚10时毛泽东在中南海游泳池会见了尤金（新中国成立后，苏联于1949年10月2日与我国建交，尤金任苏联驻华大使长达6年，是新中国成立初期任职时间最长的苏联大使）。
见到毛泽东后，尤金说他是受委托向毛泽东汇报苏共中央主席团会议情况。告知说赫鲁晓夫希望与中国同志一起商量，两国共同建立一支共同潜艇舰队，请中共中央委派周恩来和彭德怀去莫斯科具体商量。
对此，毛泽东颇感意外，当即指出，中国请苏联提供帮助，没有考虑过“合作社”的问题，并就苏联提出的建立“共同舰队”问题反复追问尤金。尤金无法说得更清楚，一再解释说这只是苏方的一个提议。
第二天上午11时，毛泽东又将尤金请到中南海谈话。这次中方参加谈话的有在京的中共中央政治局全体委员。谈话中，毛泽东重申中方不搞“共同舰队”的立场，并宣布撤回此前周恩来代表中国政府致信赫鲁晓夫请求苏联提供海军新技术援助的要求。毛泽东讲话用词激烈，指责苏联帮助中国搞了一点原子能，“就要控制，就要租借权”。
尤金见毛泽东讲话声色俱厉，知道事态严重，便主动提出请赫鲁晓夫来中国直接与毛泽东举行会谈。返回大使馆后，尤金连夜起草了给苏共中央的电报。次日赫鲁晓夫看到电报后很是震惊，立即主持召开了苏共中央主席团会议。据苏联史料记载，会议达成四点意见：一、苏共中央曾为尤金准备了一个备忘录，但尤金“在谈话时没有交给中国朋友”（后来赫鲁晓夫多次指责尤金没有把他的意思转达清楚）；二、我们本身在斯大林时期就反对租借；三、我们赞成会晤，但目前情况不允许（当时赫鲁晓夫正准备去纽约出席联合国安理会的重要会议）；四、希望听取中国方面的意见。考虑到赫鲁晓夫当时无法前往中国，会议决定再为尤金准备一个备忘录，“以使其与中国朋友举行会谈”。
应尤金的请求，7月24日，刘少奇、周恩来和邓小平一起会见了这位苏联大使。尤金向中国领导人通报说，无论是帮助中国建立海军舰队还是建设长波电台，苏联方面都没有提出任何政治条件，而且连一点暗示的迹象也没有。他还通报说，赫鲁晓夫因要出席“联大”重要会议而不能来中国访问。
赫鲁晓夫从美秘密来京
在“联大”，当赫鲁晓夫确信联合国安理会没有提出入侵伊拉克的问题后，即从美国秘密赶到北京。
7月31日下午5时至9时，毛泽东与赫鲁晓夫在中南海怀仁堂举行了长达5个小时的会谈，赫鲁晓夫当着毛泽东的面，坚决否认苏联曾提出过建立“共同舰队”的想法，整个事情是“一次误会”，他说苏联只是希望其海军舰队可以利用中国的海域对付美国人。
待赫鲁晓夫解释完后，毛泽东也谈了自己对这个问题的看法，并主动结束了关于“合作社”问题的讨论。双方约定：以后“永远不再提这样的问题”。
“共同舰队”问题因尤金“以讹致错”，弄得中苏关系骤然紧张，现在总算得到解决；但对与中国共同建设长波电台一事，却是赫鲁晓夫心中难了的“牵挂”。会谈中，赫鲁晓夫又跟毛泽东提起这个问题。他说，长波电台的所有权属于中国，苏联只是希望签订一个协议，允许苏联海军使用这个电台。同时，苏联在符拉迪沃斯托克、千岛群岛和北部海岸的电台也可以供中国使用。但如果中国不同意，苏联可以取消这个建议。
据此，毛泽东强调，中国同意建设长波电台，费用全部由中国出，所有权是中国的，苏联可以使用。赫鲁晓夫再次表示，所有权肯定是中国的，但苏联既然使用，出些钱也是应该的，可以用贷款的方式付费。毛泽东仍坚持自己的意见，他说，中国不需要贷款，如果苏联要出钱，中国就不搞了。
毛泽东为什么不同意中苏建“共同舰队”，赫鲁晓夫很久以后方才意识到，苏联的建议“触及了这个曾长期受到外国征服者统治的国家的敏感问题”，“触及了中国的主权”，也伤害了毛泽东和他的民族感情。
需要说明的是，赫鲁晓夫此次访华会谈中所涉及的建设长波电台问题，和中国请求苏联提供海军新技术援助问题，最终都按照中国的意愿得到了解决。
8月3日，中国国防部长彭德怀和苏联国防部长马利诺夫斯基，分别代表两国政府在北京签署了《关于建设、维护和共同使用大功率长波无线电台发射台和专用远距离无线电收信中心的协定》，其主要内容有两点：一是长波电台由中国自己建设，主权属于中华人民共和国。二是苏联在设计和建筑等技术方面给予帮助，通过订货方式解决，一切费用均由中国通过贸易账户解决。
关于中国向苏联提出提供海军新技术援助问题，也通过谈判获得圆满解决，中苏签订了《关于苏联政府给予中国海军制造舰艇方面新技术援助的协定》。苏方认为，除了认为尚不成熟的核潜艇技术外，苏联几乎向中国敞开了所有海军新技术的大门。